سلام
هیچ باید قطعی وجود نداره
شما بسته به تجربه و دانش تکنیکالی که در این زمینه دارید میتونید از توزیع ها و ورژن های مختلف لینوکس استفاده کنید
CentOS فقط و فقط از این بابت توصیه میشه که منابع آموزشی براش بسیار زیاده و انواع برنامه ها و پکیج های آماده برای نصب روی CeontOS روز به روز در حال افزایشه . از طرفی کنترل پنل معروفی مثل cPanel از بین نسخه های رایگان لینوکس فقط روی CentOS نصب میشه و حتی Debian و Ubuntu هم توسط سی پنل پشتیبانی نمیشه . اینطور هم نیست که بگیم فقط CentOS 5.9 یا فقط 6.3 ... اینا کاملا شخصی هست و بسته به نوع کارتون باید انتخاب کنید . برای مثال بنده فقط از CentOS 6.3 استفاده میکنم و مشکلی هم ندارم . خیلی از دوستان هم از آخرین ورژن 5.9 استفاده میکنند و راضی هستند
در ضمن این cPanel نیست که باید کانفیگ بشه...در واقع کل سروره که باید کانفیگ بشه . cPanel برای کانفیگ سرور ابزار هایی در اختیار شما میزاره . یکی از این ابزار ها Easeyapache هست که دوستان غیر مستقیم بهش اشاره کردند ولی بهترین کانفیگ ممکن فقط با ابزار های cPanel امکان پذیر نیست .
در نهایت کانفیگ حرفه ای سرور اصلا ربطی به نوع کنترل پنل مورد استفاده شما نداره . شما باید بر حسب نیاز ، تعداد سایت هایی که هاست میشن و Library هایی که مورد نیازشون هست ، تعداد و حجم دیتابیس های سرور و نوع سخت افزاری که استفاده میکنید اقدام به کانفیگ وب سرور ، پایگاه داده ، امن ساختن سیستم عامل و خیلی چیزای دیگه بکنید . کنترل پنل هم فقط یکی از سرویس های فوقه نه کل ماجرا
موفق باشید