lol
من این همه سوال کردم . همین بود جوابش :D

داخل top چک کنید کدوم پروسه بیشتر از همه منابع cpu رو مصرف میکنه و pid ش رو با strace چک کنید .
مثلا pid 123

کد:
/usr/bin/strace -p 123 > strac.log
بعد محتواشو چک کنید جایی Timeout پیدا میکنید ؟
کد:
cat strac.log | grep timout
mysql کار خاصی میکنه ؟ با mytop چک کنید کوئری خاصی دارید یا نه ؟
php به چه صورت داره کار میکنه ؟ dso ?