با توضیحاتی که دادین ، خیر ، مشکلی از سمت سرور ندارید ( البته با توجه به گفته شما ).
فرق آن فقط در این بود که اگر شما سایت را ترنسفر کرده بودید ، احتمال اینکه رکوردها باید تغییر داده میشد وجود داشت. ولی با این اوصاف ، ( البته اگر مطمئن هستید که رکوردهای مربوط به سرور درست هستند ) مشکل قطعا و 100 درصد به ISP می شود نه سرور و دامنه ... متاسفانه isp های ایران بسیار ضعیف هستند و این مشکلات به مشکلات طبیعی تبدیل شده است.
پاینده باشید.