سلام
لطفا مشخصات سخت افزاری سرور اختصاصی خودتان را قرار بدهید:
mysql خود را بهینه کنید ، همینطور قابلیت ایمپورت دیتابیس های سنگین را غیرفعال کنید.
شما نیاز دارید که WebServer تان (keepalive و MaxClient , MaxServer .... تمام پارامتر هاش) تنظیم بشه...(بسته به نیاز کاربرانتان...)

و مورد سوم،
دو تا یوزر زیر را چک کنید:
cacm
farme

اسکریپتی که نصب کردند ...
web analyzer اکانت ها را ببینید چقدر آی پی ورودی در روز دارند و چقدر بازدید کننده..
ترافیک مصرفی شونو ببینید....
شاید اسکریپت غیر استانداردی نصب کردند....

موفق باشید