مطمئنید php در حالت cgi کمپایل شده؟ چون این فایلی که قصد ادیتش رو دارید موقعی ایجاد میشه که php در حالت cgi کمپایل بشه.

در حالت عادی در مود cli کمپایل میشه که آدرس فایل php در این حالت /usr/local/lib/php.ini هست.

موفق باشید