بصورت دستی عمل کنید بهتر هست .
همونی که جناب syncronet فرموندند .
اما یه سوال
چرا میخواید تغییر انجین بدید.
MyISAM روی رکوردهای پایین سرعت بهتری داره اما امکاناتش خیلی کمتره .
بطور مثال از تراکنش ها پشتیبانی نمیکنه
اگه توی برنامه شما که بر اساس InnoDB هست از قابلیتهای منحصر به فرد استفاده کرده باشه تغییر انجین دردسرهای بزرگی رو به همراه داره براتون .
پیشنهاد میکنم به ورژن 5.5 ارتقا بدید و از همون InnoDB استفاده کنید .