باتوجه به خالی بودن ارور لوگ suphp
دو مورد احتمال میدم در اپاچی شما مشکل ایجاد کرده
دایرکتوی
cgi-bin
باید پرمیشن 0755 داشته باشه
این مورد را چک کنید که بر روی 777 نباشه یکی از دلایلی که ارور 500 دریافت می کنید از این مورد هست
اگر بازهم دیدید مشکل وجود داره به احتمال خیلی زیاد مشکل از
#!/usr/local/bin/perl
می باشد که اتصال نمی تونه بده به
#!c:\path\to\perl.exe