احتمال میدم مشکل از انجین innodb باشه. که روی سرور شما کانفیگ معمولی رو داره و روی سرور قبلی تنظیمات اختصاصی داشته. مثل جدا کردن فایل poll برای هر جدول

پیشنهاد می کنم یک بار در کنسول mysql_upgrade رو فراخوانی کنید. و بعد لاگ ماس اسکیو ال رو بررسی کنید تا متوجه مشکل اصلی بشید