بستن CGI توسط خود WHM امکان پذیر هست. برای اینکه perl رو روی پورت 80 ببندید که توسط شلر ها اجرا نشه میتونید توی فایل httpd.conf بگردید و handler فایل های .pl یا .perl رو بردارید.

دنبال خط زیر بگردید

کد:
AddHandler cgi-script .cgi .pl .plx .ppl .perl
برای جلوگیری از فعال بودن symlink ها برای یوزر های غیر root بهتره یه نگاه به global configuration توی بخش apache configuration توی whm بندازید. و گزینه ی FollowSymLinks رو غیر فعال کنید. با این کار یوزر حتی با دستکاری .htaccess هم نمیتونه Symlinks رو فعال بکنه.

در مورد مدیریت سرویس ها توسط DA هم بهتره بیشتر بهش فکر بکنید. DA از نظر من 4 تا فرم هست که کار وارد کردن اطلاعات توی فایل های کانفیگوریشن رو راحت تر بکنه
عملا شما اگه php و mysql و apache رو خودتون روی یه سرور نصب بکنید و دستی کانفیگ کنید هیچ فرقی با داشتن DA نمیکنه! دایرکت ادمین فقط یه GUI اینترفیس برای ساده ترین سطح سرور هست. نه مدیریت سرور.
موفق باشید.