با سلام شما باید یک سری از توابعی که معمولا برای راه اندازی شل اجرا میشه رو در php.ini off کنید... تا شل اگر هم اپلود شد اجرا نشه و اگر هم میخواهید کلا شل اپلود نشه باید از دسترسی های اف تی پی جلوی اپلود فایل های name .sh رو name .bat رو بگیرید