htaccess فایلی است که به آپاچی دستورات خاصی برای سرو کردن url های مختلف می دهد. این دستورات می تواند برای هر اپلیکیشن متفاوت باشد (مثلا htacces وردپرس با دروپال ممکه فرق داشته باشه). بنابراین روی روت هر کاربر ممکن است .htaccess متفاوتی داشته باشید.
در جواب شما: این فایل مربوط به سرور وب است اما می تواند وی روت همه کاربران باشد (یا نباشد).