فایل ها رو یکی کنید یا اینکه کل فایل ها با پسوند یکسان در یک پوشه بریزید و توسط php این فایل ها خونده شده و وارد یک آرایه میشوند که با توی آرایه به راحتی میتونید همسان ها رو حذف کنید و در فایل جدید ذخیره کنید.