بقیه اون فولدر ها اکثرا Log هستش و چیز خاصی نیست و نباید نگران پاک شدنش باشید و فقط public_html مهمه . البته گاهی اوقات بعضی اسکریپت ها مثلا از CGI , Perl استفاده میکنن که ممکنه توی دسترسی سطح بالاتر از public_html فولدر هایی درست کنن .
در هر صورت با هاستینگ خودتون تماس بگیرید .