مراحل نصب به این صورت هست: (به ترتیب دستورات رو در ssh وارد کنید)
کد:
cd /usr/local/directadmin/custombuild

کد:
nano options.conf
حالا مقدار ioncube=no رو به ioncube=yes تغییر بدید و فایل رو ذخیره کنید.

بعدش:

کد:
./build ioncube
بعد از اون مراحل نصب رو از صفر شروع کنید.. امیدوارم مشکلتون حل بشه.. البته از طریق همون کد php -v تست کنید که ioncube حتما نصب شده باشه.

من تا اینجا تجربم بود.. شاید فرمایش دوستمون درست باشه و اگر درست نشد باید ریلود کنید!