احتمالا php رو سرور شما به حالت cli نصب شده که اجازه تغییر پرمیشن هارو میده. شما یهبار همه چیز رو تنظیم کن بعد از مدیر سرور بخواه که با استفاده از دستور chattr کلا فایل های شمارو فیریز کنه اونموقع خود شما هم دیگه نمیتونید چیزی رو تغییر بدین چه برسه به اون هکر بیچاره