با سلام دوست عزیز...
در مورد جوملا باید بگم که بحث امنیت فقط به اسکریپت بستگی نداره ! ...امنیت و کانفیگ سرور هم بسیار مهم هست. شرکت پشتیبان شما هم نمیاد به هیچ وجه زیر بار بره مگر اینکه شما با دلیل و سند اثبات کنید که مشکل از سرور اونها هست که بعید میدونم بتونید این کار رو بکنید.
به صورت کلی و دقیق هم میتونم بگم که هسته اصلی جوملا در صورت استفاده از اخرین نسخه و به روزرسانی ها دارای امنیت بسیار بالاهی هستش و در صورت استفاده از افزونه های نا معتبر (مطابق گفته دوستان دیگر) و یا غیر فعال نکردن افزونه هایی که در سایت استفاده نمی شوند، ممکن هست که مشکل ساز بشه.
در نهایت هم در مورد قسمتی که BOLD کردم بگم که دلیل استفاده از مرورگر IE (دلیل عمده) این هست که مرورگری هست که بر روی ویندوز به صورت پیش فرض نصب هست و اکثر کاربران به دلیل عدم داشتن دانش لازم و آشنایی با مرورگر های دیگر از همون استفاده می کنند. که البته مشکلی شبیه با این قضیه در مورد Windows Media Player پیش اومد که در پی شکایت نهادهایی در اتحادیه اروپا باعث جریمه سنگینی برای شرکت مایکروسافت و در تهایت عرضه نسخه های N از سیستم عامل ویندوز 7 شد.
موفق باشید.