سلام.کلأ در دایرکت ادمین وقتی ساب دامین میسازید در پوشه public_html d یک پوشه با نام ساب دامین ساخته میشه و این مورد چیز عادی هست که از هردو طریق میشه وارد سایت شد.
ببینید اگر در اسکریپت شما این امکان هست که آدرس سایت رو وارد کنید،آدرس ساب دامین رو وارد کنید تا کاربر بعد از ورد و کلیک بر روی هر یک از لینکهای سایت به ساب دامین ریدایرکت بشه