نخیر به هیچ وجه مشکل نخواهید داشت .بنده خودم همین کار رو کردم و فقط محتوای whmcs اصلی را به سی پنل منتقل کردم و به راحتی سیستم آپگرید شد . برای اطلاعات بیشتر از نمایندگی whmcs در ایران پرسش بفرمایید