سلام
اصولا در این شاخه نباید فایلی با این فرمت باشه . فایلها یا همان virtualhost ها به نام دامین ها هستند . مثلا : mydomain.ir.conf
شما بطور موقت این فایل را rname کن مثلا : namedamane.conf.bak بعد apache را restart کن . احتملا محتویات این فایل داره مشکل ایجاد می کنه .
چون تمام فایلها در این شاخه با پسوند conf در httpd.conf ، لحاظ می شوند - (include می شوند).

آیا تعداد virtualhost ها به تعداد و به نام دامنه های شما هست ؟

موفق باشید