سلام.
داخل فایل منیجرش!؟ تا جایی که اطلاع دارم فایل منیجر کلوکسو کلا مشکل داره!
در ضمن ، داخل فایل php.ini سرور شما باید upload_max_filesize رو تنظیم کنید روی مقدار مورد نیازتون.
همچنین پیشنهاد میشه فایل رو یک جا اپلود کنید و با دستور wget کار انتقال رو انجام بدید از ssh راحت تر خواهید بود!