من با whmcs 5 یا فارسی کار نکردم و فکر نکنم بتونم توضیح بدم.

در 4.5 و انگلیسی از منوی Setup و سپس گزینه servers باید سروری که تعریف کرده اید ویرایش کنید و nameserver ها و ip ها را برایش تعریف کنید.