هیچ مشکلی وجود ندارد و شما میتوانید در Windows server سرویس FTP راه بیاندازید و در لینوکس استفاده کنید و backup های ان را به windows انتقال دهید ( و یا بالعکس )
روش راه اندازی FTPserver بر روی ویندوز در انجمن گفته شده و از این تاپیک میتوانید برای این کار استفاده نمایید :
http://www.webhostingtalk.ir/f56/38030/
Windows Server 2008 : Configuring FTP (part 1) - Installing the FTP Publishing Service - Microsoft Certification Examples, exercises, practises, tutorials, solutions about Windows Server
برای تنظیمات برنامه های لینوکسی خود به طوری که روی یک FTPserver خارجی بک آپ بگیرند از documention های آن استفاده نمایید .