سلام
والا در اون مورد زیاد اطلاع ندارم ولی با کد زیر یکارایی میتونی بکنی
<Files ~ "^\.(htaccess|htpasswd)$">
deny from all
</Files>
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.site\.com/index\.php)(:80)? [NC]
RewriteRule ^(.*) http://site.com/index.php/$1 [R=301,L]
order deny,allow