همانطوری که آقای Rezash ذکر کردند تاثیرات منفی خواهد داشت.
کلا این کار را نکنید بهتر است می توانید index.php را عوض کنید و صفحه ورود را به جای آن بگذارید. و لینک بدهید به main.php (بر فرض index.php سابق را rename کرده و main.php نامگذاری کرده اید)
اگر شما حتما خواستید یک فولدر main کنید آنگاه باید به پیشنهاد آقای RezaSh گوش کنید.
و کد های زیر را در .htaccess که در فولدر public_html می باشد را اضافه کنید.
کد:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^index.php$
RewriteRule ^(.+)$ /main/$1 [R=301,L,NC]
من فرض کرده ام که نام فایل اصلی شما
index.php
است در غیر اینصورت کد را اصلاح نمایید.