فواید استفاده از کنترل پنل : صرفه جویی در زمان راه اندازی سرویس ، نصب شدن نسخه های نرم افزاری متناسب با هم و در مجموع stable ، ارائه امکاناتی از جمله اینترفیس های گرافیکی و زیبا مدیریتی به طوری که کارهای نسبتا پیچیده را به راحتی در کنترل کاربر قرار میدهد و قابل انجام می سازد . قابلیت update کردن و یا backup گرفتن مجموعه به آسانی . ارائه ابزارها و امکانات متنوع برای مدیریت بهتر
معایب : مصرف کردن منابع سرور ، نصب و راه اندازی سرویس های ناخواسته و به دنبال آن مشکلات امنیتی و همینطور افزایش نقطه ضعف های امنیتی آن و به طور کلی افزایش ریسک پذیری سیستم .
ذهنیت اکثر افراد نسبت به اینکه نصب کنترل پنل امنیت را کاهش میدهد موجب میشود افراد به صورت دستی تک تک نرم افزار ها و سرویس ها را نصب کنند که این کار در صورت عدم وجود مهارت و تجربه منجر به نصب با تنظیمات پیش فرض نرم افزار ها و یا استفاده از نسخه های نا امن یا غیر stable آنها شده و همین کار باعث از دست رفتن کیفیت سرویس و امنیت آن میشود .
به طور کلی بهتر است افراد با تجربه و مهارت کمتر برای راه اندازی و کنترل سرویس های خود از کنترل پنل های مطمئن استفاده کنند و با این کار کیفیت و امنیت را در حد بسیار بسیار بالاتری نسبت به کار بدون کنترل پنل ایجاد کنند . در مقابل افراد باتجربه و با مهارت کافی چنانچه بخواهند حداکثر کارکرد و امنیت را برای یک سایت تامین نمایند معمولا توجیه ای بر استفاده از کنترل پنل پیدا نخواهند کرد .