شما اگر هنگام نصب ویندوز، درایو رو فرمت نکنید، دلیلی نداره فایلهای شما پاک بشن !!
اما اگر سرور مال خودتون هست، بهتره یک هارد جدید اضافه کنید و ویندوز رو روی اون نصب کنید (برای اطمینان بیشتر میگم)