نباید مشکلی باشه طبیعتا ! htaacess در public_html وجود داره ؟
فایل های ماژول رو چک کنید که همش موجود باشه
چک کنید آدرس هم در whmc در قسمت WHMCS System URL به صورت site.com/portal وارد شده باشه