با سلام
این مشکلات ، فکر نکنم مربوط به مجازی ساز شما می شد که....
این vps قطعا دارد از منبع بسیار زیادی استفاده می کند. که باعث می شود memmory شما و سپس تمام ... را در برگیرد و باعث اختلال شود. ضمن اینکه این vps نه نتها مورد پیدا خواهد کرد ، بلکه به احتمال زیاد در آینده نچندان دور به vps های دیگر آسیب می رساند. و این را مطمئن هستم.
شما وارد vps شوید و ببینید کدام سایت است که دارد منبع زیادی cpu مصرف می کند. آن را ببنید ، مشکل حتما درست خواهد شد. چون با توجه به گفته هایی که ذکر کردید این مشکل جدیدا پیش آمده و احتمال زیاد یک سایتی وجود درون آن سرور وجود دارد که یا بازدیدش بالا است یا چیزی روی سایتش نصب کرده است که اینجوری cpu را بالا می برد.
اگر هم موفق نشدید ، یک سری log از vps و... ( البته اگر مایل بودید ) برای بنده ارسال نمایید تا ببینم چه قدر این vps منبع سرور شما را تحت کنترل خودش قرار می دهد.
پاینده باشید.