با استفاده ار پرمشین ها میتونید دسترسی رو محدود کرده و یا فقط مجاز له دیدن با یوزر و پسورد کنید ( در صورتی که هیچ کنترل پنلی نصب نشده باشه - اگه سی پنل یا هر کنترل پنل دیگری نصب شده باشد که خیلی ساده هست )
در مورد سوال دوم هم یک ایدنکس منیجر نصب کنید

اصولا سوال هایی که برسیدید به اپاچی ربط نداشت