سلام
اول برید به
pico /etc/my.cnf
و
درستور زیر رو حذف کنید
max_allowed_packet = ??MB

بعد یه ریستارت به mysql بدید
service mysql restart

بعد با دستور زیر فایل رو ایمپورت کنید
mysql -u {username} -p {DB-NAME} < /home/file.sql