با php یک بار بخوان ان کود دکود کن و به Utf-8 بریز تو جدول جدید
یعنی ساختار جدول جدیدت کارکتر ست utf-8 general or persian باشه
من یک کد نوشته بودم که وصل میشد به دیتابیس نام کل جداولش رو می گرفت به ازای تک تک فیلد ها در دیتابیس جدید جداول و فیلدهارو می ساخت و داده هارو انتقال می داد
سرعت انتقال هم بالاست (شما گفتی چند هزارتاست)