من پیشنهاد میکنم suPHP رو فعال کنید در این حالت دیگه اسکریپ های php با دسترسی کاربر Apache اجرا نمیشن و با دسترسی خود کاربر اجرا میشن و به تبع تمام فایل هایی که رو سرور آپلود و ذخیره میشه با مالکیت کاربر میشه برای فعال کرد suPHP به لینک زیر مراجعه کنید
Files uploaded with php scripts are owned by apache - how to install suPhp