معمولا سی پنل از خودش کاری نمی کنه همون کانفیگ های لینوکس رو انجام میده حالا شما اگر می بینی یک ساعت اختلاف است در فانکشنت هم امکان تایم زون بودن و اختلاف رو پیش بینی کن.
مثلا جوملا این امکان رو داره که مجددا تایم زون محلی ست شه و استفادش فقط از توابع جوملایی باشه
و در php شما می تونی date() بگیری و time + 3600 کنی

بهترین راه کانفیگ از cpanel هست حالا gmt +3:30 هستیم یکی رو بزار که +4:30 باشه