در فایل /opt/suphp/etc/suphp.conf بخش phprc_paths نباید هیچی باشه.این بخش مشخص میکنه که کانفیگ از کجا بارگذاری بشه.اگر خطوط زیر این از حالت کامِنت در بیاد به این معنی هست که php.ini فقط از همون ادرسها خونده بشه :D