در ایتدا از ساپورت دیتاسنتر کمک بگیرید
mysql رو غیر فعال کنید و با کمک csf میزان کانکشن ها رو محدود کنید و با کنترل وب سرور ، اس کیو ال و kill کردن پروسس های زیاد با فرمان top سرور رو راه بیندازید
از وب سرور nginx یا litespeed استفاده کنید

بهتر از همه این ها دیداس پروتکشن سخت افزاری هست