لاگ رو بررسی کنید.
بصورت پیش فرض تو centos ، محل ذخیره خطاهای دیتابیس
کد:
/var/lib/mysql/hostname.err
جای hostname اسم سرور خودتونه.
اگر هم که تغییر دادید، مسیر ذخیره لاگ خطاها رو از طریق دستور زیر پیدا کنید :

کد:
grep -R log_error /etc/mysql/*
و همینطور مسیر زیر :

کد:
/var/log/mysql/mariadb.err
ارور لاگ کلا خودش مشخص میکنه مشکل از کجاست.
اول بررسی بفرمایید خطاهای مربوط به mysql رو و موردی بود اشتراک بگذارید بررسی کنیم.

اما قبل از اون، پیشنهاد میکنم یک فایل دیتابیس دیگه ایمپورت کنید ( غیر از اینی که تست کردید ).
با اینکه خود error500 نشون گر مشکل تو تنظیمات mysql هست، اما بهرحال فایل دیگری رو تست کنید و ایمپورت کنید ببیند برای هر فایلی همین مشکل هست؟
چون گاهی اوقات تعداد بیش از حد کوئری‌های Create , Insert, Truncate و ... باعث بروز خطا میشن ( اما نه Error 500 ) - باز با این حال فایل دیتابیس دیگه ای رو ایمپورت کنید ،بد نیست.