اول ورژن های مختلف php رو تست کنید و ترجیحا از ورژن 7 یا 7.1 استفاده کنید البته اگه بقیه ماژول هاتون با این ورژن سازگاری دارند. سازگاری رو از گزینه utilities و زیر منوی system و بعد گزینه PHP Version Compatibility می تونید ببنید. در قدم آخر max_execution_time و max_input_time رو روی 3000 تنظیم کنید. اگه نشد باید توی تنظیمات دیتابیس در my.cnf گزینه wait_timeout رو روی عدد بالایی تنظیم کنید مثلا 30000 تا مشکل حل بشه.