درود . درست متوجه مشکلتون نشدم . شما دو مسیر زیر رو در سوالتون مطرح کردید :
var/www/
و
etc/nginx/sites-available/domain.com/
سوال بنده اینجاست که داخل این دو مسیر چه چیزهایی قرار دادید ؟
هر سایت تنها یک روت میتونه داشته باشه . شما باید یا سایتتون رو داخل مسیر اول قرار بدید یا مسیر دوم .
داخل یه قسمت دیگه هم مسیر زیر رو به عنوان root سایت معرفی کردید :
root /var/www/domain.com/$host;
لطفا دقیق بفرمایید قصد دارید چی کار کنید تا بتونیم بهتر راهنمایی کنیم .