اصولا به خاطر کانفیگ ناصحیح mysql هست ، هرچقدر هم یک دیتابیس پرفشار باشه ، نباید بتونه بتنهایی لود سرور رو بکشه بالا ، پیشنهاد بنده به شما کانفیگ mysql هست .
اما برای مانیتورینگ حرفه ای ، می تونید از mytop استفاده کنید ، لینک زیر می تونه بهتون کمک کنه :
https://www.digitalocean.com/communi...ql-performance