نسخه‌های Cpanel مخصوص FreeBSD وجود داره.
Cpanel در هر دو سیستم عامل مانند هم عمل میکند،برخی اسکریپتها تفاوتهای کوچکی دارند.
FreeBSD بمراتب پایدارتر از Centos است.