برای رفع مشکل، روی سرورهایی که چندین نسخۀ php نصب شده، باید از نسخۀ خاص PHP که سایت با استفاده از اون بالا میاد استفاده بشه.
مثلاً به جای دستور
کد PHP:
php -q /path/to/the/php/file.php
باید از
کد PHP:
/usr/local/bin/ea-php56 -q /path/to/the/php/file.php
در Cron Jobs استفاده کنید. همونطور که خود سی پنل هم در صفحه Cron Jobs ذکر کرده.
موفق باشید.