مشکلی که برای جابجایی دیتابیس MySQL وجود دارد این است که صرفا با جابجایی فایل ها نمی توانید انتظار داشته باشید سرور جدید به درستی کار کند زیرا اگر دیتابیس های شما از جداول با موتور InnoDB استفاده کرده باشند علاوه بر پوشه ی هم نام دیتابیس در چند فایل دیگر نیز دیتا دارند که با جابجایی پوشه مشکل برطرف نمی شود.

پیشنهاد من به شما راه اندازی یک سرور کاملا (کاملا) مشابه ی سرور اول که خراب شده است می باشد و سپس تمامی اطلاعات از قبلی دیتابیس و یوزر و غیره را مشابه سرور اول بسازید. سرویس MySQL را متوقف کنید و فایل های موجود در مسیر /var/lib/mysql/ را به سرور جدید منتقل و Overwrite نمایید. سپس MySQL را استارت کرده و محتوای دیتابیس خود را تطابق دهید.