با سلام و احترام
بهترین کانفیگ برای این سروری که شما اعلام کردید
استفاده از mod hostinglimit
و apache 2.4 reverse ***** با nginx
و php fcgi هست .
در مورد sql هم میتونید sql رو تیون کنید
چون فرمودید دایرکت ادمین هم دارید حتما اخرین ورژن custombuild رو استفاده کنید
تنظیمات php یا همون php.ini اونطوری که انتظار دارید نمیتونه کمکتون کنه توی افزایش پرفرمنس
اگر اصرار به استفاده خالی از apache دارید حداقل mpm worker ماد بزنید
خودتون استادید ولی راهنمایی بیشتر در خدمتتون هستیم