شما باید فایل vhost.conf را ادیت کنید و دستور زیر رو برای دومین مورد نظر در قسمت وی هاست اون دومین وارد کنید
بجای domain.com اسم دومین مورد نظر رو بنویسید

php_admin_value open_basedir HTTPD_VHOSTS_D/domain.com/httpdocs:/tmp:/ADD_PATH

بعد از اتمام کار حتما آپاچی سرور رو ریستارت کنید

موفق باشید