1- روی ساب دامین بهتر هست یا ساب فولدر؟
اگر از سرور مجازی یا هاست پر قدرت استفاده میکنید ساب فولدر گزینه مناسبی هست به لحاظ ایندکس؛ چون در ساب دامنه سایت جداگونه تلقی میشه و انگار سایت تازه ساخته شده؛ ولی با ساب فولدر قدرت ایندکس دامنه اصلی به ساب فولدرها هم منتقل میشه؛ کما اینکه اگر گواهی ssl نیز تهیه کنید دیگه لازم نیست برای ساب دامنه ها هم گواهی ssl بگیرید.(البته میشه گواهی sslیی گرفت که ساب دامنه‌ها رو هم شامل بشه ولی بطبع گرونتره).

2-از نظر سئو مشکلی نداره؟(وقتی مجزا هستند 100% سئو کامل نیست ,اما اسیب نمیزنه که)
از نظر سئو مشکلی نداره؛ مادامی که محتوا نو بروز رسانی منظم باشه.

در مورد سوال سومتون خوب متوجه نشدم منظورتون چیه!!