با سلام
خوب برای ویندوز 2003 که چک لیست های امنیتی زیادی ارائه شده است .
تنها چیزی که خیلی مهمه کنترل permission ها در سرور های ویندوز می باشد و نحوه کنترل application Pool که اگر application pool به صورت ISOlated باشد ویا نباشد تنظیمات متفاوت است.
به هر حال لینک ها ارائه شده است .مقالات وب سایت windowsecurity.com می تونه کمک زیادی به شما داشته باشد.
Windows Server 2003 Hardening List (Part 1)
Server Hardening Checklists - Windows 2003 Server Hardening Checklist
Windows 2003 Security Articles & Tutorials
Office of Information Technology - UTSA
15 steps to hardening Windows Server 2003

اگر هر کجاش مشکل داشتید در خدمتم.