سلام
به نظرم یه بار فلش رو تو یه توزیع Live از لینوکس مثل اوبونتو بالا بیارید و ببینید فایل ها هستن یا نه چون سیستم مخفی سازی فایل هایی که ویندوز استفاده میکنه در لینوکس کار نمیکنه و به جاش لینوکس از گذاشتن فقط یه نقطه اول فایل برای مخفی سازی اونا استفاده میکنه.
اگه اینم نشد شاید با ویژگی Partition Recovery نرم افزار MiniTool Partition Wizard بتونید فایل ها رو برگردونید فقط این ویژگی در نسخه کرک شده این نرم افزار هستش و تو نسخه Free اش نیست.
درباره ویروس کشی هم به نظرم علاوه بر یه آنتی ویروس خوب مثل کسپرسکی یا بیت دفندر پیشنهاد میکنم از نرم افزار جانبی Panda USB Vaccine یا Bitdefender USB Immunizer هم در کنار آنتی ویروس خودتون استفاده کنید.
این دو نرم افزار کارشون اینه که یه فایل autorun.inf خالی اما با سطح دسترسی غیرقابل تغییر میسازن تا اگه فلش رو اتفاقی به یه سیستم ویروسی (مثل سیستم اکثر مدرسه ها و دانشگاه های ایران!!) زدید نتونه اقدام به نشر و فعال سازی اتوران خودش تو فلش شما هم کنه.