سلام
با توجه به این که وب سرور Nginx قادر به خواندن محتوایی .htaccess و اجرای رول‌های آن نیست این اتفاق رخ می‌دهد.
سعی کنید با توجه به سیستم محتوایی که استفاده می کنید رول‌های .htaccess را تبدیل به رول‌های Nginx کرده و در فایل nginx.conf مربوط به یوزر و دامنه وارد کنید.

با احترام