سلام،
ماژول و پلاگین‌های مانیتورینگ زیادی وجود داره اما به دلایل متعدد متاسفانه تجربه استفاده از اونهارو ندارم.
با این وجود پیشنهادم اینه که خودتون موارد رو مانیتور کنین و لاگ‌هارو بررسی کنین.

مثلا برای بررسی فایل‌های ویرایش شده طی بازه زمانی خاص از دستوری مشابه مورد زیر استفاده کنین:
find path -mtime +x -mtime -x
x همان تعداد روزهاست.

یا برای جلوگیری از حذف فایل یا دایرکتوری خاص از دستور chattr استفاده کنید.
در cPanel امکان بررسی IPهایی که به فایلی خاص در مسیر اکانت دسترسی داشته‌اند نیز مقدور می‌باشد.

با احترام