این اخطار وقتی میاد یعنی احتمالاً خود whmcs یه چیزش باعث میشه کد htaccess نقص بشه و وب سرور دوباره ریدایرکت کنه.
شاید خود whmcs هم تغییراتی برای ریدایرکت دلخواه خودش در https ها میده و اینطوری ریدایرکت در ریدایرکت میشه و مرورگر قاطی میکنه.
من متاسفانه خیلی وقته دیگه whmcs کار نکردم.
ببینید اون کدی که گفتم تنهایی بذارید بخش RewriteBase ازش حذف شده این بخش رو حذف کردید ببینید چی میشه؟
چون خطی که RewriteBase توش هست باعث میشه که خارج از پوشه رو معیار قرار بده که شاید برای همین مشکل ایجاد میشه.
می تونید کدی که این لینک هم صرفاً برای whmcs پیشنهاد داده هم تست کنید:
https://www.ndchost.com/wiki/software/whmcs/force-https
سرچ جمله Force SSL in WHMCS هم شاید یه کمکی کنه.